Super Monkey Ball 3D sur 3DS propose trois modes de jeu très différents. Le mode Boule de Singe est un jeu d'adresse où il faut arriver au bout d'un parcours en dirigeant une boule grâce au stick directionnel ou au détecteur de mouvements de la console. Le mode Course de Singe s'apparente à un Mario Kart-Like avec une dizaines d'options et des turbos au sol. Enfin le mode Combat de Singe voit s'affronter quatre participants qui veulent récupérer un maximum de bananes dans des arènes en 2D.