Jeu d'aventure et de combat, Naruto Shippuden : Ultimate Ninja Storm 3 reprend les bases du gameplay de la série en y ajoutant quelques nouveautés, comme les actions cachées, les combats de horde ou encore les décisions ultimes qui offrent diverses possibilités. Les combats de boss refont surface, et il est possible de jouer en ligne avec tous les personnages du jeu, ou de suivre l'aventure en revivant la 4ème grande guerre ninja.